档案整理工作是档案管理活动的核心，是保证其他环节档案管理工作质量和效率提高的前提。正确认识档案整理理论是做好档案整理工作的基础。然而档案整理理论并不是永恒不变的科学规则，它伴随着人类社会实践的发展而发展，同时又直接影响着档案整理实践的发展。因此，我们对档案整理理论的认识应当是一个不断发展的过程。
一、档案整理的定义
档案整理应以维护历史原貌为宗旨。档案整理理论是现代档案学理论体系的一个重要组成部分。在档案实践中，零散形成的文件只有经过档案整理的过程，建立起它们之间的历史联系，才能成为真正的档案。档案整理既是一个过程，又是一个体系。
一个成熟的理论体系应当拥有四个层次，即：实践理论、应用理论、基础理论和理论内核.。从档案整理的实践的角度说，档案的整理工作，就是将处于零乱状态的和需要进一步条理化的档案，进行基本的分类、组合、排列和编目，组成有序的体系。从基础理论的角度看，档案整理是利用文件实体及其历史联系的记录来记录历史的过程。这里，有必要说明历史联系的定义。经典档案学认为，历史联系来源于档案与文件之间的一维关系;而现代档案学认为，它来源于社会实践。由于档案的历史联系来源于构成档案的文件之间的历史关系，而文件是来源于社会实践的，文件之间的历史关系也就来源于社会实践，所以档案之间的历史联系也来源于社会实践。社会实践不是线性的结构，它是多维的。所以档案整理不应该是像经典档案学一样只注重实体整理，而是应该体现其多维性：即进行虚拟整理。
档案整理是构成档案理论内核的元素，是最富实践性的。因此，档案整理是档案理论内核的实践基础。只有从基础理论的角度认清档案整理，才能更好地指导实践工作。
二、档案整理的结构
不同档案物质结构造就了不同的档案整理实践，它们之间是一一对应关系的关系，因此，档案物质结构就成为了区分传统档案整理与现代档案整理的最可靠的标志。
1.档案的来源。档案是在社会活动中直接形成的产物，它来源于社会实践。社会实践活动包括档案实体和档案历史联系两个方面。这就是档案物质实体的双重构成的思想，用公式表示为：档案二文件实体集合+档案历史联系的记录。档案历史联系是存在于档案之间的社会实践之间的关系。因此，档案的整理可以分为档案实体整理和档案的历史联系的信息整理两个方面。
2.档案的实体整理。档案的实体整理是一种在传统纸质档案环境下，通过对文件进行实体排序来揭示文件之间的历史联系，从而记录历史原貌的档案整理方法，它是一维线性的，以维护历史联系为目的。
在传统档案整理的实践中，文件的实体排列是线性的结构，我们只能从档案文件之间多维的历史联系中选择一维来记录历史。传统档案整理的结构是隐含着档案文件之间某种历史联系的“文件实体集合”，这个结构中包含的档案之间的历史联系是一维的。
3.档案的历史联系信息整理。档案的历史联系是存在于档案实体之间相互构成的关系。对文件实体进行排列以记录历史联系的整理方法难以在电子档案时代继续独领风骚，“用计算机全面自动解析隐藏在文件材料之间的历史联系却是根本不可能的。”
实体整理本来是为了最大限度地保持文件之间的历史联系的结构，但在现代档案整理过程中，它却破坏了文件之间的历史联系，因为历史联系是多维的，满足了某一维度的联系就必然破坏了其他维度的联系。由此，利用虚拟排序来记录和物化档案之间历史联系的方法便应运而生。“虚拟整理技术是一种与文件实体排序无关的，单纯记录和揭示档案之间历史联系的技术，它是一套能脱离档案实体排列，而仅仅使用一套符号及其符号语法逻辑来记录和揭示档案历史联
系的技术。这种整理技术操作的对象并不是实体的档案，而是档案之间的历史联系。
“档案历史联系的记录”是档案历史联系的物化结果。在档案实践中，档案的历史联系是来源于对文件之间客观历史关系的认识，而我们只有将所形成的“档案的历史联系”的这种认识加以记录和物化，才可能固化档案之间的这种关系。而一旦档案失掉这种内在的联系，这些文件就将成为历史的碎片，甚至会因此失去它存在的意义。
4.档案的实体与历史联系之间的关系。实体整理技术之所以不能从多个维度去维护和体现档案的历史联系，是因为传统档案整理技术对历史联系的整理是与实体整理同步完成的。也就是说，在实体整理技术中，是通过对档案文件实体的排序来记录档案历史联系的，所以在完成对实体整理的同时，历史联系的整理也随之结束。由于文件实体的唯一性，限制了其排列只能是一个挨着一个的线性排列，这种排列结构决定了其所整理和记录出的历史联系必然也是线性一维的。因此，在采用实体整理技术对档案历史联系进行整理的过程中，档案工作者只能选择更为重要的历史联系要素（即来源联系）作为其整理的依据，按照来源原则对档案进行整理，而不得不放弃历史联系中所包含的其他要素，即使我们已经认识到历史联系是多维的。
档案实体整理是为了建立一个档案实体凭证体系。档案并不像史书那样是“任人雕刻的大理石”，而是一个巨大的凭证链条，它不必在意有伪证，即使是内容不具真实性的档案也具有证伪的作用，具有历史真实性。现代档案整理包含对档案实体的整理和对档案之间历史联系的信息整理两部分。档案是由文件实体集合和档案之间历史联系的记录两种物质构成的，“档案物质实体的双重构成”是现代档案学理论的逻辑起点。
三、档案整理的本质
结构的思想在自然科学和社会科学中被广泛应用，任何事物都有结构，事物的结构决定其本质、属性和功能，所以，通过对结构的研究，能够得到事物的本质。文件直接来源于社会实践，文件之间的历史联系直接地记录到文件的实体排序中，无需档案人员进行加工;而档案的历史联系虽然也来源于社会实践，却并非像文件实体排列一样是线性一维的，它是多维的，需要档案人员进行加工。因此，现代档案整理以档案历史联系的信息整理为核心。
以档案双重物质结构为逻辑起点，可以认识现代档案整理的本质：保证档案历史联系与社会实践之间关系的对称性。在逻辑上，只有当档案整理所获得的历史联系具有了与社会实践之间关系相同的结构时，它才可能最大限度地保持文件之间的历史关系。而传统和现代档案整理之间的本质差别就表现在于：它们所形成的历史联系究竟应该与谁“对称”。如果它的历史联系与文件实体排序具有对称关系，那么形成的档案整理必定是传统档案整理，或原始档案整理;而如果与社会实践之间关系对称，这个档案整理就肯定是现代档案整理。
从现代档案整理结构中看，档案之间的历史联系来源于社会实践。档案整理的过程就是按照社会实践的真实情况，对档案进行排序，实现其与社会实践的对应，进而实现档案记录历史原貌的功能。档案是利用其实体及其历史联系的记录记录历史的结果。所以，档案整理的本质是：维护档案历史联系和社会实践之间的对称性关系。